La parole à Alain Barrat

Alain Barrat, physicien, Centre de Physique Théorique (Marseille) et Institute of Scientific Interchange (Turin). Page personnelle : http://www.cpt.univ-mrs.fr/~barrat/.

Réponses reçues le 16 mai 2013.

Q: Comment définissez-vous un réseau?
C’est un objet mathématique, un ensemble de nœuds reliés par des liens. Cet objet est une représentation commode pour de nombreux systèmes d’éléments en interaction, allant d’Internet aux réseaux sociaux.

Q: Quand avez-vous commencé à travailler sur les réseaux ?
En 1999-2000.

Q: Quelles sont vos principales influences en ce qui concerne l’analyse de réseaux ?
Alessandro Vespignani, Albert-László Barabási.

Q: Quelle est votre revue scientifique favorite en ce qui concerne l’analyse de réseaux ?
Aucune en particulier, la littérature est très dispersée dans des revues disciplinaires et interdisciplinaires.

Q: Selon vous, quelles sont les principales forces de l’analyse de réseaux ?
L’interdisciplinarité, car un même type d’outil mathématique est adapté à poser des questions diverses sur des systèmes à première vue très différents.

Q: Selon vous, quelles sont les principales faiblesses de l’analyse de réseaux ?
De nombreuses barrières continuent d’exister entre les disciplines : langages différents, bagages scientifiques différents, habitudes différentes concernant les publications et les conférences.

Q: Y-a-t-il un article méconnu et à vos yeux essentiel en ce qui concerne l’analyse de réseaux ?
De façon générale chaque chercheur devrait essayer de s’intéresser aux articles sur les réseaux publiés dans d’autres disciplines. C’est évidemment difficile à cause du très grand nombre d’articles publiés…

Q: Quel est votre jeu de données préféré en analyse de réseaux ?
Ceux que je produis avec mes collègues de la collaboration SocioPatterns (www.sociopatterns.org), qui décrivent les contacts face-à-face dans différents contextes.

Q: Quel est votre logiciel d’analyse de réseaux favori ?
Gephi pour la visualisation. Pour l’analyse, je fais mes propres scripts en Python en utilisant l’excellente librairie networkx (http://networkx.github.io/).

Q: Quelle collaboration concernant l’analyse de réseaux vous a semblé la plus fructueuse ?
La collaboration avec l’épidémiologie, probablement grâce à un bagage commun de modèles et de méthodes mathématiques. La collaboration avec les sciences du web donne aussi des résultats passionnants. Du côté des SHS, le fossé initial est plus difficile à franchir mais on y arrive petit à petit.

Q: Pour notre prochaine interview, selon vous, qui devrions-nous contacter ?
Vittoria Colizza, INSERM, http://www.epicx-lab.com/vittoria-colizza.html. Avec ses collaborateurs, elle développe des modèles de la propagation d’épidémies à grande échelle qui permettent une bien meilleure compréhension de ces phénomènes.

La parole à Jean-Daniel Fekete

Jean-Daniel Fekete, Computer scientist (INRIA/AVIZ). Page personnelle : http://www.lri.fr/~fekete/

Réponses reçues le 1 octobre 2012

Q : Comment définissez-vous un réseau?
Un ensembre de n sommets V = {v1, v2, …, vn}
Un ensemble de m arcs E=(e1, e2, …em), e ∈
Un ensemble de o attributs de graphes Ag={(k1,a1),(k2,a2), …,(ko,ao)}, k mot clé, a valeur
Un ensemble de p attributs de sommets Av={(v1,k1,a1), (v2,k2,a2), …, (vp,kp,ap)}
Un ensemble de q attributs d’arcs Ae={(e1,k1,a1), (e2,k2,a2), …, (eq,kq,aq)}

Q : Quand avez-vous commencé à travailler sur les réseaux ?
En 1997

Q : Quelles sont vos principales influences en ce qui concerne l’analyse de réseaux ?
Jacques Bertin

Q : Quelle est votre revue scientifique favorite en ce qui concerne l’analyse de réseaux ?
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics (aspect visualisation des réseaux)

Q : Selon vous, quelles sont les principales forces de l’analyse de réseaux ?
Grande flexibilité des outils mathématiques

Q : Selon vous, quelles sont les principales faiblesses de l’analyse de réseaux ?
Domaine complexe, apprentissage difficile et validation des approches délicate parfois

Q : Y-a-t-il un article méconnu et à vos yeux essentiel en ce qui concerne l’analyse de réseaux ?
Les miens ? 😎

Leland Wilkinson (1999) Statistical methods in psychology journals: guidelines and explanations. American Psychologist, 54:594–604, 1999.
http://www.apa.org/pubs/journals/releases/amp-54-8-594.pdf

Q : Quel est votre jeu de données préféré en analyse de réseaux ?
Les publications de HAL (CNRSR ou INRIA, ce sont les mêmes)

Q : Quel est votre logiciel d’analyse de réseaux favori ?
Les miens 😎

Aucun en particulier, beaucoup sont très bien mais généralement trop compliqués.

Q : Quelle collaboration concernant l’analyse de réseaux vous a semblé la plus fructueuse ?
Les collaborations où les chercheurs SHS ont des vrais problèmes et qu’ils sont prêt à travailler vraiment (les mains à la pâte) avec des informaticiens.

Q : Pour notre prochaine interview, selon vous, qui devrions-nous contacter ?
Benno Schwikowski de l’institut Pasteur : http://www.proteomics.fr/Sysbio/People/Benno_Schwikowski
Il utilise le système Cytoscape* pour visualiser et analyser des graphes biologiques. Une approche très innovante couplant visualisation et analyse.

*Un billet est en préparation sur ce logiciel.