Jongler avec les objets R, le package intergraph
Plusieurs modules existent pour analyser les graphes dans R, les plus fréquemment commentés étant sna et igraph. Ces packages utilisent des objets particuliers [1] : sna utilise des objets network, igraph des objets… igraph [2]. Le module intergraph permet de jongler entre les modules et les objets et deux commandes s’avèrent particulièrement utiles : as.igraph et as.network. La première transforme un objet network en objet igraph, la seconde fait l’inverse. La fonction netcompare permet ensuite de contrôler que la transformation s’est déroulée correctement. Autre fonction très utile asDF qui transforme objets network et igraph en data.frame.
Exemple de script tiré de la documentation du package
#chargement des packages
library(intergraph)
library(statnet)
library(igraph)
#jeux de données statnet
g1 <- faux.mesa.high
#type et structure
class(g1)
summary(g1)
#transformation en objet igraph
g2 <- as.igraph(g1)
#contrôle
netcompare(g1, g2)
#jeux de données igraph
g3 <- exIgraph
#transformation en objet network
g4 <- as.network(g3)
#contrôle
netcompare(g3,g4)
#transformation en data.frame
#et contrôle
d1 <- asDF(g1)
str(d1)
d2 <- asDF(g3)
str(d2)
Référence : Michal Bojanowski, Package ‘intergraph’, Coercion routines for network data objects in R, 19 Juin 2012.
http://intergraph.r-forge.r-project.org, http://www.bojanorama.pl
[1] Le type d’un objet x dans R s’obtient avec la commande class(x).
[2] Le problème ne se pose pas avec tnet qui utilise des objets matrix.
OpenEdition vous propose de citer ce billet de la manière suivante :
Laurent Beauguitte (16 juillet 2012). Jongler avec les objets R, le package intergraph. groupe fmr (flux, matrices, réseaux). Consulté le 20 mars 2025 à l’adresse https://doi.org/10.58079/p80f
1 réponse
[…] existent et plusieurs billets de ce blog en présentent certains (voir les billets sur le module intergraph, le module bipartite, le module QuACN ou le module […]