ENSAI TD 3 – Analyser et visualiser les réseaux avec Cytoscape et Gephi

Gephi et Cytoscape sont deux logiciels open-source et gratuits adaptés à la visualisation de grands graphes. Leurs capacités d’analyse (surtout pour Gephi) sont par contre relativement limitées.

Déroulement du TD

Prise en main de Gephi (version 0.8.2 beta)

Présentation de l’interface : un menu principal, trois fenêtres distinctes (vue d’ensemble, laboratoire de données, prévisualisation) et une vue d’ensemble en 3 colonnes (nœuds, liens et spatialisation ; graphe ; statistiques et filtre)

Options de visualisation – jeu de données Les Miserables.gexf : naviguer dans le graphe (clic droit, molette) ; sélectionner un sommet ; afficher les labels et les faire varier (police, mise en forme, taille).

Mesurer et filtrer : calculer le degré et le degré pondéré, calculer la modularité. La taille des sommets sera fonction du degré pondéré, leur couleur de la classe (modularité) et l’épaisseur des liens variera selon l’intensité du lien. Faire varier les paramètres proposés (couleur, taille, étendue). Sélectionner uniquement les sommets de degré supérieur ou égal à 3 (fenêtre filtre sur la droite).

Préparer l’exportation des résultats (données et image)

Importer ses propres données (reprendre le mini-graphe du TD1) : créer un projet puis aller dans le laboratoire de données, importer les fichiers liens et sommets (format .csv) en cliquant successivement sur Nœuds/Liens et Importer une feuille de calcul. Les noms de colonnes doivent être Source;Target;Weight (optionnel) pour le fichier des liens ; Id-attribut1-attribut2 etc. pour le fichier des sommets. Gephi propose par défaut un typage des variables qu’il peut être nécessaire de modifier.

import_gephi1

Prise en main de Cytoscape

Présentation de l’interface : un menu principal, un volet à droite sur les propriétés, une fenêtre de visualisation et un volet en bas sur les fichiers chargés

Options de visualisation – jeu de données Escherichia coli : naviguer dans le graphe ; sélectionner un sommet ; faire varier les spatialisations et les styles.

Mesurer et filtrer :  Tools > NetworkAnalyser > Network Analysis > Analyse Network. Pour les intégrer à la visualisation, Tools > NetworkAnalyser > Network Analysis > Generate Styles from Parameters… La taille des sommets sera fonction du degré, leur couleur de la proximité (closeness) et l’épaisseur des liens variera selon l’intermédiarité. Extraire les composantes connexes. Sélectionner les sommets de degré supérieur ou égal à 2 et créer le graphe correspondant (onglet Select puis File > New network > From selected nodes…).

Préparer l’exportation des résultats (données et image)

cyto3

Format des données (reprendre le mini-graphe du TD1) : pour le point g, le plus simple est de créer un lien fictif g-g dans le fichier .csv de départ puis de supprimer les boucles après l’importation (Edit > Remote Self-Loops). Pour l’importation des liens, Ctrl + L puis afficher les options de tabulation, la présence ou non de noms de colonnes, l’origine, la destination et le type d’interactions (par défaut pp – protein-protein). Puis importer le fichier des attributs (File > Import > Table > File) et faire la jointure entre les deux fichiers.

cyto1


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